病毒载体蛋白纯度分析：通过电泳条带的单一性评估目标蛋白的纯化效果，是衡量产品工艺质量的核心指标。
目标蛋白分子量测定：通过与已知分子量的标准品对比，验证病毒载体表面或内部目的蛋白的预期大小是否正确。
蛋白亚基组成分析：对于多亚基复合物形式的病毒载体蛋白，检测其各亚基的存在、比例及组装状态。
降解产物与片段检测：识别在制备或储存过程中可能产生的蛋白降解条带，评估产品的稳定性。
翻译后修饰初步筛查：如糖基化、磷酸化等修饰可能导致蛋白在凝胶上出现弥散或迁移率改变，可进行初步判断。
衣壳蛋白VP1/VP2/VP3比例：针对腺相关病毒(AAV)等载体，检测不同衣壳蛋白的相对含量与正确比例。
宿主细胞蛋白残留：检测纯化工艺中未能完全去除的宿主细胞蛋白杂质，是安全性评价的关键项目。
血清型鉴定辅助：通过特定衣壳蛋白的电泳图谱差异，辅助鉴别不同血清型的病毒载体。
二聚体或多聚体分析：检查目标蛋白是否形成非预期的共价或非共价聚集物，影响载体功能与安全性。
免疫原性相关蛋白检测：筛查可能引起强烈免疫反应的杂质蛋白，为载体的临床应用安全性提供依据。
腺相关病毒载体：广泛应用于基因治疗，需检测其衣壳蛋白组成、纯度及空壳/满壳比例相关的蛋白条带。
腺病毒载体：用于疫苗和基因治疗，检测其六邻体、五邻体、纤维蛋白等主要结构蛋白。
慢病毒载体：基于HIV-1的病毒载体，需检测其包膜糖蛋白（如VSV-G）、衣壳蛋白p24等。
逆转录病毒载体：检测其核心蛋白、跨膜蛋白等，用于细胞治疗产品的开发与质控。
疫苗用病毒载体：如痘病毒、水泡性口炎病毒载体，检测其作为抗原或结构成分的关键蛋白。
病毒样颗粒：由病毒结构蛋白自组装而成，不含遗传物质，需通过电泳验证其蛋白组成与完整性。
纯化工艺中间品：对纯化过程中的样品进行检测，监控各步骤对目标蛋白的回收与杂质去除效果。
成品制剂放行检验：作为病毒载体药物或试剂成品放行的必检项目之一，确保符合质量标准。
稳定性研究样品：在不同储存条件下取样检测，评估病毒载体蛋白的长期稳定性与降解情况。
比较性研究样品：用于不同批次间、工艺变更前后或仿制与原研产品间的质量相似性评价。
SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳：最常用的方法，在变性条件下分离蛋白质，主要用于分析分子量、纯度和降解情况。
非还原SDS-PAGE：在不加入还原剂（如β-巯基乙醇）的条件下进行，用于分析由二硫键连接的蛋白复合物。
Native-PAGE（非变性电泳）：在非变性条件下分离蛋白质，保持其天然构象和生物活性，用于分析天然状态下的蛋白复合物。
<强>Tris-Glycine凝胶系统：经典的电泳缓冲体系，适用于分离分子量范围较广（约5-250 kDa）的蛋白质。
<强>Tris-Acetate凝胶系统：使用更高浓度的缓冲液，适用于分离大分子量蛋白复合物（最高可达720 kDa）。
<强>梯度凝胶电泳：凝胶浓度呈线性梯度增加，可使不同大小的蛋白质在其各自最佳孔径区达到锐化分离效果。
<强>Western Blot（免疫印迹）：将电泳分离的蛋白转移至膜上，利用特异性抗体进行检测，用于目标蛋白的特异性鉴定与半定量。
<强>考马斯亮蓝染色法：通用型蛋白质染色方法，操作简便，灵敏度适中，适用于总蛋白谱分析。
<强>银染法：高灵敏度的染色方法，可检测低至纳克级的蛋白质，用于痕量杂质或低丰度蛋白的分析。
<强>荧光染色法：使用SYPRO Ruby等荧光染料，灵敏度高，线性范围宽，且与后续质谱兼容性好。
<强>垂直板电泳槽系统：进行SDS-PAGE或Native-PAGE的核心装置，包括上下缓冲液槽、玻璃板夹和电极。
<强>电源供应器：为电泳过程提供稳定、可调的电压和电流，通常具备恒压、恒流和恒功率多种模式。
<强>凝胶成像系统：用于对染色后的凝胶进行拍照和存档，通常配备白光或特定波长的光源及高灵敏度CCD相机。
<强>化学发光成像仪：专门用于Western Blot化学发光信号的捕获与分析，具有极高的灵敏度。
<强>凝胶扫描仪：高分辨率的平板扫描仪，特别适用于对考马斯亮蓝或银染凝胶进行数字化成像与分析。
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