最小抑菌浓度测定：定量测定抑制细菌可见生长的最低抗菌药物浓度，是评估耐药水平的金标准。
药敏试验纸片扩散法：通过测量含药纸片周围抑菌圈直径，定性或半定量判断细菌对药物的敏感性。
耐药基因PCR筛查：利用聚合酶链式反应技术，特异性扩增并检测已知的耐药基因片段。
β-内酰胺酶表型检测：通过头孢硝噻吩纸片法等，快速检测细菌是否产生β-内酰胺酶。
ESBLs表型确认试验：采用双纸片协同法等，确认细菌是否产超广谱β-内酰胺酶。
碳青霉烯酶表型检测：如改良碳青霉烯灭活试验，用于检测碳青霉烯酶的产生。
多位点序列分型：对多个管家基因进行测序分型，用于细菌克隆复合体的鉴定与关联分析。
全基因组测序分析：对细菌全基因组进行测序，全面解析耐药基因、毒力因子及进化关系。
质粒接合转移实验：验证耐药基因是否位于可接合转移的质粒上，评估水平传播风险。
生物被膜形成能力检测：评估细菌形成生物被膜的能力，这与持续性感染和耐药性增强相关。
革兰氏阴性杆菌：重点关注肠杆菌目（如大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌）、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌等。
革兰氏阳性球菌：包括金黄色葡萄球菌（特别是MRSA）、肠球菌（如VRE）、肺炎链球菌等。
临床分离株：来自患者血液、尿液、痰液、伤口分泌物等各类标本的病原菌。
环境监测样本：包括医院环境表面、水体、土壤、动物源性食品中的细菌。
动物源性菌株：从养殖动物、宠物分离的细菌，用于评估耐药性在人与动物间的传播。
质粒与整合子：作为耐药基因的重要载体和捕获系统，是关联分析的核心对象之一。
可移动遗传元件：检测转座子、插入序列等，分析耐药基因的转移与重组机制。
耐药表型谱：涵盖β-内酰胺类、喹诺酮类、氨基糖苷类、大环内酯类、多粘菌素类等主要抗菌药物。
耐药基因型谱：检测blaNDM、blaKPC、mcr-1、vanA、mecA等关键耐药基因。
菌株克隆系：追踪高流行、高耐药的成功克隆系（如ST11、ST258）的传播动态。
表型药敏试验：基于微生物培养，通过MIC或抑菌圈大小直接反映细菌的耐药表现。
聚合酶链式反应：用于快速、特异性地扩增和检测已知的靶标耐药基因。
实时荧光定量PCR：在PCR过程中实时监测扩增产物，可对耐药基因进行定量分析。
等温扩增技术：如环介导等温扩增，无需热循环仪，适用于现场快速筛查。
基因芯片技术：将大量耐药基因探针固定于芯片，实现高通量、并行检测。
下一代测序：包括全基因组测序和靶向测序，用于未知基因发现和基因组关联分析。
脉冲场凝胶电泳：通过限制性内切酶消化后电泳，进行大片段DNA分型，用于暴发调查。
质粒分析：包括质粒提取、电泳图谱分析及复制子分型，追踪耐药质粒的传播。
生物信息学分析：利用软件进行序列比对、耐药基因注释、系统发育树构建及关联性挖掘。
统计学关联分析：应用卡方检验、逻辑回归、机器学习等方法，分析耐药性与基因、环境因素的关联。
自动化药敏鉴定系统：如VITEK 2、BD Phoenix，可自动进行细菌鉴定和药敏试验。
PCR扩增仪：用于常规PCR、qPCR反应，是分子检测的核心设备。
实时荧光定量PCR仪：具备荧光检测模块，用于定量PCR分析。
核酸提取仪：自动化完成细菌DNA/RNA的提取与纯化，提高通量和一致性。
凝胶成像系统：用于观察和记录电泳凝胶（如PCR产物、质粒）的结果。
脉冲场凝胶电泳系统：专门用于大分子量DNA片段分离的電泳装置。
下一代测序仪：如Illumina MiSeq/NovaSeq、Oxford Nanopore测序仪，用于基因组测序。
生物安全柜：提供无菌操作环境，保障病原微生物检测过程的安全。
恒温培养箱：为细菌培养提供恒定温度，是表型试验的基础设备。
高性能计算服务器：用于存储和处理海量测序数据，运行复杂的生物信息学分析流程。
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