G0/G1期细胞比例：反映处于静止期或DNA合成前期准备阶段的细胞群体，是评估细胞增殖活性的基础指标。
S期细胞比例：指示正在进行DNA复制的细胞比例，是衡量细胞增殖速率的关键参数。
G2/M期细胞比例：代表已完成DNA复制、处于分裂前准备期及正在分裂的细胞，反映细胞进入有丝分裂的进程。
细胞增殖指数：通常指S期与G2/M期细胞比例之和，直接量化处于活跃增殖状态的细胞比例。
DNA指数：通过比较样本细胞与正常二倍体细胞的DNA含量，判断细胞是否存在DNA倍性异常（如多倍体、异倍体）。
亚G1峰比例：代表DNA含量低于G1期的细胞群，通常被认为是凋亡细胞或坏死细胞碎片，用于评估细胞死亡。
细胞周期同步化效率：评估通过化学或物理方法将细胞阻滞在特定周期时点的效果，是周期相关研究的重要前提。
多倍体细胞比例：检测DNA含量为四倍体或更高的细胞比例，常见于某些肿瘤细胞或特定生理病理状态。
细胞周期动力学参数：通过连续时间点采样，分析细胞通过各周期时相的速率和时长。
细胞周期相关蛋白表达：结合DNA染色，同步检测Cyclin、CDK等周期调控蛋白的表达水平，进行多参数关联分析。
体外培养细胞系：适用于各类贴壁或悬浮培养的哺乳动物细胞、昆虫细胞等，是基础研究中最常见的样本。
原代细胞：从组织直接分离培养的细胞，其周期分布更能反映体内生理状态，但分析时需考虑细胞的异质性。
植物细胞与酵母细胞：经过特定的细胞壁消化和染色方案调整，可用于研究植物或酵母的细胞周期进程。
外周血单个核细胞：包括淋巴细胞、单核细胞等，用于免疫学研究、药物对免疫细胞增殖的影响评估。
骨髓细胞与造血干细胞：用于血液病研究、造血发育分析以及放化疗对造血系统影响的评估。
实体肿瘤组织：通过制备单细胞悬液，分析肿瘤组织的细胞周期异质性、增殖活性及倍体异常。
石蜡包埋组织切片：需经过脱蜡、重水化、酶消化等复杂处理获得单细胞，用于回顾性临床样本研究。
冷冻保存的细胞样本：经适当固定和冻存的细胞，可在需要时复苏并进行周期分析，便于实验安排。
药物或基因处理后的细胞：评估化疗药物、靶向药物、siRNA、过表达载体等处理对细胞周期进程的影响。
不同生长条件或刺激下的细胞：分析血清饥饿、生长因子刺激、缺氧、辐射等环境因素对细胞周期分布的调控。
碘化丙啶染色法：最经典的DNA染料，通过嵌入双链DNA发出荧光，其荧光强度与DNA含量成正比，需用RNase处理RNA。
DAPI染色法：一种蓝色荧光染料，特异性与DNA双螺旋的小沟结合，染色速度快，常用于活细胞成像或与其它荧光探针联用。
Hoechst 33342染色法：膜通透性染料，可对活细胞进行DNA染色，适用于活细胞周期分析及细胞分选，但可能有毒性。
溴脱氧尿苷掺入法：通过检测DNA合成期掺入的BrdU，利用抗BrdU抗体进行免疫荧光标记，特异性识别S期细胞。
EdU掺入点击化学法：BrdU的替代方法，利用叠氮化物与炔烃的点击化学反应检测EdU，无需DNA变性，更快速温和。
细胞周期蛋白双标记法：如同时检测DNA含量和Cyclin B1蛋白，可更精确区分G2期和M期细胞。
流式细胞术分析：基于上述染色方法，利用流式细胞仪对大量单个细胞进行快速、定量分析，是主流的高通量方法。
激光扫描共聚焦显微镜成像：在组织切片或培养细胞中，进行空间定位的细胞周期分析，可观察细胞形态与位置的关联。
图像流式细胞术：结合流式细胞术的高通量和显微镜的形态学信息，提供每个细胞的DNA含量图像，准确性更高。
数学模型拟合分析：使用Dean-Jett-Fox、Watson pragmatic等算法对流式直方图进行拟合，将连续分布的荧光信号解卷积为各期比例。
流式细胞仪：核心设备，通过激光激发荧光染料，检测每个细胞的荧光信号强度，实现高速、多参数的细胞周期分析。
激光扫描共聚焦显微镜：用于对固定或活细胞样本进行高分辨率、三维的细胞核DNA荧光成像，进行原位分析。
图像流式细胞仪：在流动中为每个细胞拍摄多张荧光及明场图像，兼具统计优势和形态学验证，尤其适合复杂样本。
荧光显微镜：配备特定滤光片组，用于观察经PI、DAPI等染色的细胞，可进行初步的周期状态定性评估。
细胞培养箱：为细胞提供恒定的温度、湿度和CO2浓度，是进行细胞培养、处理及同步化等前期准备的必要设备。
生物安全柜/超净工作台：提供无菌操作环境，用于细胞传代、药物处理、样本制备等过程，防止污染。
低速离心机：用于细胞收集、洗涤、重悬等样本制备步骤，是获得单细胞悬液的关键设备。
涡旋振荡器：用于充分混匀细胞悬液与染色试剂，确保染料与细胞均匀接触，获得稳定的染色效果。
水浴锅或金属浴：为某些需要特定温度孵育的染色步骤（如RNase消化、抗体孵育）提供恒温条件。
数据分析软件：如FlowJo、ModFit、FCS Express等，专门用于流式数据的周期拟合分析，生成各期比例和DNA指数等结果。
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