蛋白质折叠/去折叠速率：测定蛋白质从变性状态恢复到天然构象，或从天然态转变为变性态的时间尺度与路径。
酶催化循环中的构象转变：监测酶在结合底物、形成过渡态、释放产物各阶段发生的特异性结构重排动力学。
配体结合诱导的构象变化：量化小分子药物、辅因子或核酸等配体与生物大分子结合后引发结构变化的速率与幅度。
蛋白质-蛋白质相互作用界面动力学：研究复合物形成或解离过程中，相互作用表面残基的构象适应性与动态变化。
膜蛋白转运循环：测定离子通道、转运蛋白等在执行功能时，跨膜区域发生的开放、关闭或中间态转换动力学。
核酸二级结构转换动力学：如DNA双链的熔解与复性、RNA发夹结构的形成与打开等过程的速率测定。
变构调节过程中的信号传递：追踪变构效应物结合后，其信号如何通过蛋白质内部传递并引发远端活性位点构象变化。
分子内域间运动：研究多结构域蛋白质中，各个结构域之间相对运动的频率、幅度与相关时间。
辅因子或金属离子结合/解离动力学：测定辅酶、金属离子等辅助因子与蛋白结合或释放时触发的局部构象调整速度。
翻译后修饰引起的构象重排：监测磷酸化、乙酰化等修饰发生后，蛋白质结构动态网络的改变过程。
溶液中的可溶性蛋白质：涵盖从酶、抗体到信号蛋白等各种水溶性蛋白的构象动态研究。
膜蛋白与膜结合蛋白：包括GPCRs、离子通道、转运体等在脂质环境或模拟膜环境中的动态行为。
核酸及其复合物：适用于DNA、RNA及其与蛋白质、小分子形成的复合物的结构转换研究。
蛋白质-核酸复合物：如转录因子与DNA、核糖体亚基与RNA等超分子组装体的协同构象变化。
分子伴侣与底物相互作用：研究分子伴侣识别、结合并帮助底物蛋白折叠或解折叠的动态过程。
病毒衣壳蛋白组装：监测病毒颗粒自组装或解组装过程中，亚基构象的协同变化动力学。
淀粉样蛋白纤维化过程：追踪错误折叠蛋白聚集成寡聚体及纤维前体的早期构象动态与聚集速率。
马达蛋白的工作循环：如肌球蛋白、驱动蛋白等在ATP水解驱动下沿轨道运动的步进式构象变化。
信号转导通路中的蛋白激酶：研究激酶在激活与非活性状态间切换，以及底物识别时的快速构象调整。
人工设计的生物大分子：包括DNA折纸、蛋白质设计产物等合成生物学体系的功能性动态表征。
停流光谱法：通过快速混合触发反应，利用光谱信号（如荧光、圆二色性）在毫秒时间尺度监测构象变化。
温度/浓度跃变弛豫法：利用激光或快速混合实现温度或浓度的瞬时跳变，跟踪系统弛豫至新平衡的动力学过程。
单分子荧光共振能量转移：在单个分子水平上实时观测供体与受体荧光团间距离变化，揭示异质性与非平衡动力学路径。
核磁共振弛豫色散：通过测量核自旋在不同磁场下的弛豫速率，探测微秒到毫秒时间尺度的构象交换过程。
氢氘交换质谱：基于主链酰胺氢与溶剂氘的交换速率，定量分析蛋白质不同区域的结构涨落与动态保护性。
时间分辨X射线晶体学：利用同步辐射光源，在反应触发后不同时间点收集衍射数据，获得时间分辨的静态“快照”序列。
时间分辨小角X射线/中子散射：在溶液状态下获取反应过程中整体形状和尺寸变化的动力学信息。
分子动力学模拟：通过计算机模拟，在原子水平上预测和解析构象变化的路径、能垒与时间演化，与实验数据互补。
电子顺磁共振波谱：利用定点自旋标记，探测标记位点局部环境的微秒到毫秒级运动及距离变化。
荧光各向异性衰减：通过测量荧光偏振随时间的变化，研究生物大分子的旋转相关时间及局部柔韧性变化。
停流混合装置：核心部件为高效混合器，可与紫外-可见、荧光、圆二色光谱仪联用，实现快速反应触发与检测。
单分子荧光显微镜：配备高灵敏度相机（如EMCCD, sCMOS）、激光光源和精密滤光片，用于smFRET等单分子实验。
高场核磁共振波谱仪：通常指600 MHz及以上频率的谱仪，配备低温探头和梯度场系统，用于高分辨率动态学研究。
高分辨率质谱仪
同步辐射光束线站
圆二色光谱仪
动态光散射仪
等温滴定量热仪
表面等离子体共振仪
高速原子力显微镜
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