精确分子量测定：通过高分辨质谱确定化合物的精确质量，用于推算其元素组成。
分子离子峰确认：识别质谱图中的分子离子峰（M+, [M+H]+, [M-H]-等），确认目标化合物的存在。
同位素丰度分析：分析分子离子或碎片离子的同位素分布模式，与理论值比对以辅助结构确认。
杂质与降解产物鉴定：通过分子量差异，检测并初步鉴定原料药或产品中的相关杂质及降解产物。
合成产物确证：确认合成反应是否生成了预期目标分子，是合成化学中的关键质控步骤。
多肽与蛋白质分子量测定：测定生物大分子的分子量，用于验证序列、检测翻译后修饰等。
聚合物平均分子量分析：测定合成聚合物的数均分子量（Mn）、重均分子量（Mw）及其分布。
加合物与络合物分析：检测金属配合物或非共价复合物的形成，并确认其组成计量比。
代谢物初步筛查：通过母药与代谢物之间的分子量差异，初步推断可能的代谢途径与产物。
样品纯度评估：根据质谱图中是否存在非预期的离子信号，对化合物的纯度进行半定量评估。
小分子有机化合物：涵盖药物、农药、天然产物、中间体等，是应用最广泛的领域。
多肽与蛋白质：用于生物制药表征、蛋白质组学研究，可分析分子量高达数十万道尔顿。
核酸与寡核苷酸：测定DNA/RNA片段、引物、探针及修饰核苷酸的分子量。
糖类与糖复合物：分析寡糖、多糖以及糖蛋白的分子量及糖型。
合成高分子聚合物：适用于测定聚乙烯、聚丙烯酸酯、聚醚等合成聚合物的分子量及其分布。
金属有机化合物：确认催化剂、金属配合物的分子组成及稳定性。
脂质与代谢小分子：在脂质组学、代谢组学中用于鉴定脂肪酸、甘油酯、甾醇等。
药物及其制剂：对原料药、辅料及最终制剂中的活性成分进行定性确认与杂质监控。
环境污染物：用于检测水体、土壤中的有机污染物，如抗生素、持久性有机污染物（POPs）等。
食品添加剂与非法添加物：在食品安全领域用于确认添加剂成分及筛查违禁药物。
电喷雾电离质谱（ESI-MS）：软电离技术，适用于极性大分子和热不稳定化合物，常产生多电荷离子。
大气压化学电离质谱（APCI-MS）：适用于中等极性、低分子量的小分子化合物，对热稳定的样品更有效。
基质辅助激光解吸电离质谱（MALDI-MS）：主要用于蛋白质、多肽、核酸和高分子聚合物等大分子的分析。
气相色谱-质谱联用（GC-MS）：适用于挥发性、半挥发性且热稳定的小分子化合物，兼具分离与鉴定功能。
液相色谱-质谱联用（LC-MS）：将高效分离与高灵敏度检测结合，是复杂混合物中目标物确认的主流方法。
高分辨质谱法（HRMS）：使用飞行时间（TOF）或轨道阱（Orbitrap）等质量分析器，提供精确质量数以确定元素组成。
串联质谱法（MS/MS）：通过选择特定母离子进行碰撞诱导解离，获得碎片信息，用于结构解析与确证。
直接进样分析（DI-MS）：样品不经色谱分离直接引入离子源，适用于纯品或简单混合物的快速筛查。
同位素稀释质谱法：使用稳定同位素标记的内标进行定量，同时利用质谱进行高特异性确认。
离子淌度质谱法（IMS-MS）：在质量分析前增加基于形状和尺寸的分离维度，可区分同分异构体。
四极杆质谱仪（Q-MS）：最常用的质量分析器之一，具有成本较低、稳定性好、适合定量分析的特点。
飞行时间质谱仪（TOF-MS）：具有高质量精度、高分辨率和几乎无上限的质量检测范围，适合未知物筛查。
离子阱质谱仪（Ion Trap MS）：可进行多级串联质谱实验，结构解析能力强，但质量精度通常较低。
轨道阱质谱仪（Orbitrap MS）：提供极高的质量精度和分辨率，是复杂体系定性分析的强大工具。
三重四极杆质谱仪（QQQ-MS）：由两个四极杆和一个碰撞池组成，是靶向定量与确认的黄金标准。
四极杆-飞行时间串联质谱仪（Q-TOF MS）：结合了四极杆的离子选择能力与TOF的高分辨性能，用于精确质量数的MS/MS分析。
傅里叶变换离子回旋共振质谱仪（FT-ICR MS）：提供目前最高的质量分辨率与精度，但仪器昂贵且维护复杂。
气相色谱-质谱联用仪（GC-MS）：整合气相色谱仪与质谱仪，是挥发性有机物分析的经典配置。
液相色谱-质谱联用仪（LC-MS）：整合高效液相色谱仪与质谱仪，已成为药物分析、代谢组学等领域的核心设备。
基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱仪（MALDI-TOF MS）：专为生物大分子和高分子聚合物分析而设计，操作快速通量高。
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