蛋白质分子量测定：通过与标准蛋白Marker对比，估算目标蛋白及其亚基的表观分子量。
亚基数目的确定：通过电泳条带的数量，判断目标蛋白复合物由几种不同的亚基组成。
亚基化学计量比分析：通过条带灰度扫描分析，估算不同亚基在复合物中的相对比例。
蛋白质纯度评估：检查SDS-PAGE胶上是否存在非目的条带，以评估样品纯度。
二硫键分析：通过比较还原和非还原条件下的电泳结果，判断亚基间是否存在二硫键连接。
翻译后修饰检测：初步鉴定磷酸化、糖基化等修饰引起的亚基迁移率变化。
蛋白质复合物解离分析：在不同变性条件下电泳，观察复合物是否解离成独立亚基。
抗体特异性验证：利用Western Blotting验证抗体是否特异性识别目标亚基。
批次间一致性比较：对比不同批次制备的蛋白样品，其亚基组成图谱是否一致。
蛋白降解产物检测：识别因样品处理不当或储存问题产生的蛋白降解片段条带。
酶与酶复合物：如聚合酶、蛋白酶体等多亚基功能酶复合物的组成解析。
膜蛋白与受体：分析跨膜受体（如GPCR、离子通道）的亚基构成及相互作用。
抗体结构解析：用于验证抗体的轻链和重链，以及抗体片段（如Fab、scFv）的完整性。
病毒结构蛋白：分析病毒衣壳蛋白、包膜蛋白等由多种亚基组装而成的复合物。
细胞骨架蛋白：研究肌动蛋白、微管蛋白等聚合形成纤维状结构的亚基本质。
转录调控因子：分析转录因子复合物中不同蛋白质亚基的组成情况。
疫苗与生物制剂：在质量控制中，确保重组蛋白疫苗或治疗性蛋白的亚基正确组装。
食品源蛋白质：鉴定食品中过敏原蛋白或特定功能蛋白的亚基组成。
植物种子贮藏蛋白：如大豆球蛋白、麦谷蛋白等复杂多聚体的亚基分析。
重组表达产物鉴定：验证工程菌或细胞表达的重组蛋白是否形成正确的寡聚体结构。
SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）：最常用的方法，在强变性剂SDS存在下，根据亚基分子量进行分离。
非变性PAGE（Native-PAGE）：在不加变性剂的条件下进行，用于分析天然状态下的蛋白质复合物。
Tris-Tricine SDS-PAGE：一种改进的SDS-PAGE系统，特别适用于分离小分子量多肽和蛋白质亚基。
梯度凝胶电泳：使用浓度梯度凝胶，可获得更宽的分子量分离范围和更清晰的条带分辨率。
双向电泳（2-DE）
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