线粒体膜电位（MMP）：评估线粒体内外膜之间的电势差，是反映线粒体能量状态和健康程度的核心指标。
三磷酸腺苷（ATP）含量：直接定量细胞内ATP的生成水平，衡量线粒体氧化磷酸化功能的最终输出。
活性氧（ROS）水平：检测线粒体来源的活性氧自由基（如超氧化物、过氧化氢）的产量，评估氧化应激状态。
线粒体DNA（mtDNA）拷贝数：通过qPCR等技术测定mtDNA的相对数量，反映线粒体的生物合成与完整性。
线粒体自噬流（Mitophagy Flux）：评估线粒体自噬的激活程度与进程，是尿石素作用的关键靶点通路。
线粒体呼吸链复合物活性：分别测定复合物I至V的酶活性，定位呼吸链功能的具体受损或增强环节。
线粒体形态与网络结构：通过成像分析线粒体的融合、分裂状态，评估其动态变化。
细胞耗氧率（OCR）：使用海马仪等设备实时监测基础呼吸、最大呼吸、ATP合成呼吸等，全面评估呼吸功能。
细胞外酸化率（ECAR）：间接反映糖酵解水平，与OCR结合可判断细胞能量代谢偏好。
线粒体通透性转换孔（mPTP）开放程度：评估线粒体膜的非特异性通透性，与细胞凋亡启动密切相关。
体外培养细胞系：如人脐静脉内皮细胞、小鼠成肌细胞、神经母细胞瘤细胞等，用于初筛和机制研究。
原代细胞：如从组织分离的神经元、心肌细胞、肝细胞等，结果更接近体内生理状态。
线粒体提取物：从细胞或组织中分离纯化的完整线粒体，用于离体功能研究。
模式生物（线虫/果蝇）：利用其生命周期短、遗传工具丰富的特点，进行在体寿命和健康跨度研究。
小鼠模型：包括衰老模型、肌肉萎缩模型、神经退行性疾病模型等，用于临床前药效评估。
人体外周血单个核细胞（PBMCs）：作为易于获取的人体样本，探索尿石素干预的转化医学证据。
组织匀浆：如肌肉、肝脏、脑组织，评估不同器官中线粒体功能的整体变化。
亚细胞器组分：分离线粒体、溶酶体等，研究细胞器互作（如线粒体-溶酶体接触）。
不同浓度尿石素干预：测试从纳摩尔到微摩尔级的浓度梯度，确定其有效剂量范围。
不同时间点监测：从急性干预（数小时）到慢性处理（数天至数周），观察功能的动态变化。
JC-1染色流式/荧光检测法：利用JC-1染料在膜电位高时形成红色聚集体，电位低时呈绿色单体，红绿荧光比值量化膜电位。
ATP生物发光法：基于萤光素酶-萤光素反应，ATP含量与产生的生物发光信号成正比，灵敏度极高。
DCFH-DA或MitoSOX荧光探针法：使用特异性探针被ROS氧化后产生荧光，通过流式细胞术或荧光显微镜定量。
实时定量PCR（qPCR）：通过扩增线粒体基因（如ND1）和核基因（如18S rRNA）的比值计算mtDNA拷贝数。
免疫荧光共定位与Western Blot：使用LC3、p62、TOM20等抗体，结合溶酶体标记，可视化并定量线粒体自噬。
分光光度酶活测定：利用底物-产物在特定波长的吸光度变化，测定分离线粒体中各呼吸链复合物的活性。
MitoTracker活细胞染色与共聚焦成像：使用MitoTracker染料标记活细胞线粒体，进行三维形态和网络分析。
海马（Seahorse）XF细胞能量代谢分析：通过微传感器实时监测培养液中氧和氢离子浓度，计算OCR和ECAR。
钙黄绿素-钴淬灭法：利用钙黄绿素被mPTP释放至线粒体基质并被钴淬灭的原理，检测mPTP开放。
蛋白质免疫印迹（Western Blot）：检测线粒体功能相关蛋白（如PGC-1α、DRP1、OPA1、TFAM）的表达水平。
流式细胞仪：用于快速、高通量分析JC-1、ROS荧光信号，统计大量细胞的线粒体参数。
荧光显微镜/共聚焦显微镜：用于高分辨率观察线粒体形态、自噬小体共定位及动态过程。
化学发光检测仪/酶标仪：配备发光检测模块，用于读取ATP生物发光实验等化学发光信号。
实时荧光定量PCR仪：用于精确测定mtDNA拷贝数及线粒体相关基因的mRNA表达水平。
海马（Seahorse）XF分析仪：细胞能量代谢分析的核心设备，可进行实时、无标记的代谢表型分析。
紫外-可见分光光度计：用于测定线粒体呼吸链复合物酶活性、细胞色素含量等吸光度变化实验。
超速离心机：用于从细胞或组织中分离、纯化完整且有功能的线粒体。
活细胞成像系统：配备环境控制（温控、CO2），可长时间动态拍摄线粒体在尿石素处理下的变化。
多功能微孔板读数器：可进行荧光、发光、吸光度等多种模式的检测，适用于多种探针实验。
蛋白质电泳及转印系统：用于Western Blot实验，分析线粒体功能相关蛋白的表达与修饰。
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