病毒/细菌滴度测定：定量测定感染所用病原体（如病毒、细菌）的浓度，是确定感染复数（MOI）的基础。
细胞存活率检测：评估感染对宿主细胞活力的影响，常用MTT、CCK-8等方法。
细胞病变效应观察：在显微镜下直接观察感染导致的细胞形态变化，如圆缩、脱落、合胞体形成等。
病原体基因组拷贝数检测：采用qPCR等技术定量检测细胞内病原体核酸的量，反映复制水平。
病原体抗原表达检测：通过免疫荧光（IF）或免疫组化（IHC）检测细胞内病原体特异性蛋白的表达与定位。
细胞因子与趋化因子分泌谱：利用ELISA或液相芯片技术检测感染后细胞上清中炎症介质的分泌情况。
细胞凋亡与坏死分析：通过流式细胞术（如Annexin V/PI双染）区分并定量感染诱导的细胞凋亡与坏死。
细胞周期分布检测：分析感染是否导致宿主细胞周期阻滞，常用PI染色结合流式细胞术。
自噬流检测：通过Western Blot检测LC3-II转化或利用荧光报告系统观察自噬小体形成，评估感染对细胞自噬的影响。
信号通路蛋白磷酸化检测：利用Western Blot或磷酸化流式细胞术分析感染激活或抑制的关键信号通路（如NF-κB, MAPK）。
多种宿主细胞系：涵盖常见的永生化细胞系（如HEK293， HeLa， Vero， A549， RAW264.7等）。
原代细胞：包括人外周血单个核细胞、原代肝细胞、支气管上皮细胞等，更接近体内生理状态。
干细胞及类器官：利用诱导多能干细胞分化的细胞或三维类器官模型，用于模拟复杂组织感染。
RNA病毒：如流感病毒、呼吸道合胞病毒、新冠病毒、丙型肝炎病毒、寨卡病毒等感染模型。
DNA病毒：如疱疹病毒（HSV， CMV）、腺病毒（AdV）、乙型肝炎病毒（HJianCe）等感染模型。
细菌：包括胞内菌（如李斯特菌、沙门氏菌）和胞外菌（如金黄色葡萄球菌、大肠杆菌）的感染模型。
真菌与寄生虫：如白色念珠菌、疟原虫等真核病原体的细胞感染模型。
感染不同时相：覆盖感染早期（吸附、侵入）、中期（基因表达与复制）和晚期（装配、释放及细胞效应）的全过程监测。
药物或抗体干预评估：检测范围包括在感染前后加入抗病毒/抗菌药物、中和抗体等，评估其抑制效果。
宿主遗传背景影响：通过基因敲低/过表达细胞，研究特定宿主基因在感染过程中的功能。
空斑形成试验：用于测定病毒滴度，通过计数感染细胞形成的空斑（蚀斑）数目进行定量。
50%组织细胞感染剂量测定：通过观察细胞病变效应，计算使50%细胞孔发生感染的病毒稀释度。
实时荧光定量PCR：绝对定量或相对定量病原体核酸载量，灵敏度高，是评估复制的金标准之一。
免疫荧光染色与共聚焦显微镜：可视化病原体抗原在细胞内的定位及与细胞器的共定位。
流式细胞术：高通量定量分析感染阳性细胞比例、细胞表面/内抗原表达及细胞功能状态。
蛋白质免疫印迹：检测感染细胞中病原体蛋白或宿主应答蛋白的表达与修饰。
酶联免疫吸附试验：定量检测细胞培养上清中分泌型的病原体抗原或宿主细胞因子。
转录组测序：全面分析感染前后宿主细胞全基因转录水平的变化，挖掘差异表达基因与通路。
激光扫描共聚焦显微镜活细胞成像：对感染过程进行动态、实时、三维观测，研究病原体与细胞的相互作用。
电子显微镜：利用透射电镜或扫描电镜在超微结构水平观察病原体在细胞内的形态、复制工厂及细胞器变化。
生物安全柜：进行病原体相关实验操作的一级防护设备，保障实验人员与环境安全。
二氧化碳培养箱：为细胞培养提供恒定的温度、湿度和CO2浓度环境，用于感染细胞的孵育。
倒置光学显微镜：用于日常观察细胞形态、密度及感染后细胞病变效应。
实时荧光定量PCR仪：进行病原体核酸定量检测和宿主基因表达分析的核心设备。
流式细胞仪：用于快速、多参数分析感染细胞群表型、凋亡、周期及细胞内细胞因子。
激光扫描共聚焦显微镜：获取高分辨率、多通道的细胞内部结构及病原体定位图像。
酶标仪：读取ELISA、MTT、CCK-8等实验的吸光度或荧光值，进行定量分析。
蛋白质免疫印迹系统：包括电泳仪、转膜仪和化学发光成像系统，用于蛋白表达检测。
超速离心机：用于病毒浓缩、纯化及样本前处理。
活细胞成像系统：整合培养箱与显微镜，可对感染过程进行长时间、动态的影像记录与分析。
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