元转录组学检测

  发布时间:2025-07-01 08:25:32

检测项目

RNA完整性检测:评估RNA样本完整性指数(RIN),使用电泳或微流控技术,评分范围1-10,阈值设定为RIN≥7.0以确保合格。

RNA浓度测定:通过分光光度法测量RNA浓度,检测范围0.1ng/μl~10μg/μl,精度±0.5%。

16S rRNA测序:针对细菌和古菌的V4区域进行扩增子测序,序列长度150-250bp,覆盖率≥99%,用于群落结构分析。

ITS转录组分析:针对真菌ITS1和ITS2区域测序,序列读取长度300bp,最小深度10,000 reads per sample。

mRNA丰度定量:基于高通量测序数据计算基因表达水平,单位FPKM或TPM,动态范围10⁻⁶~10⁶。

功能注释分析:利用KEGG或GO数据库进行功能预测,注释率≥85%,涵盖代谢、信号转导等通路。

多样性指数计算:包括Shannon指数和Simpson指数,测量范围0~10,分辨率0.01,用于群落多样性评估。

差异表达分析:比较样本组间基因表达变化,采用DESeq2算法,p-value阈值<0.05,log2 fold change ≥2。

代谢通路富集分析:识别显著富集的生物通路,基于超几何检验,FDR校正值≤0.01。

病毒转录组检测:针对环境样本中病毒RNA分析,最小检出限10 copies/μl,覆盖率95%。

嵌合体识别:使用UCHIME算法检测并移除嵌合序列,准确率≥98%,错误率<2%。

序列质量控制:评估原始序列质量,Q30评分≥90%,最低reads长度50bp。

样本污染检测:监控外源RNA污染水平,阈值设定为<1% foreign sequences。

转录本组装:基于de novo或参考基因组组装,组装精度99.9%,N50≥1,000bp。

表达谱聚类分析:执行层次聚类或PCA,聚类距离阈值0.5,用于样本分组可视化。

检测范围

环境土壤样本:分析土壤微生物群落的转录活动,用于生态修复研究。

淡水水样:评估湖泊或河流中微生物的功能多样性,支持水质监测。

海水样本:研究海洋微生物群的转录组动态,应用于海洋生态学。

肠道微生物样本:针对人类或动物肠道RNA分析,用于健康诊断。

发酵产品样本:监控工业发酵过程微生物活动,优化生产控制。

废水处理样本:分析污水处理厂微生物功能,提升处理效率。

空气微生物样本:检测大气中微生物转录组,应用于环境监测。

植物根际样本:研究根系关联微生物相互作用,支持农业生物学。

食品样本:分析食品微生物转录活动,确保产品安全和质量。

临床样本:如痰液或粪便,用于疾病相关微生物功能研究。

沉积物样本:来自河流或湖泊的沉积物RNA分析,评估污染影响。

生物反应器样本:监控生物技术反应器中的微生物转录动态。

极端环境样本:如高温或高盐环境,研究特殊微生物群落适应性。

农业土壤样本:评估作物相关微生物功能,支持可持续农业。

检测标准

ISO 20391-1:2018:规定生物样本质量控制的一般要求。

GB/T 19495.2-2004:定义分子生物学检测的标准方法。

ASTM E3134-18:提供RNA测序的标准指南。

ISO 21571:2005:规范核酸提取方法的通用原则。

GB/T 34698-2017:设定高通量测序数据质量控制参数。

ISO 17025:通用测试和校准实验室能力要求。

ISO 15216-1:2017:涉及微生物检测的分子方法。

GB/T 30988-2014:规定生物样本RNA保存标准。

ASTM WK23857:草案标准用于环境RNA分析。

ISO 20166:微生物多样性测序的质量控制框架。

GB/T 35428-2017:临床样本转录组检测规范。

ISO 10993-18:2020:生物材料分子检测相关标准。

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序系统:执行高通量RNA测序,通量最高6Tb,确保大规模转录组分析。

Agilent 2100 Bioanalyzer:评估RNA完整性,提供RIN值,精度±0.2单位。

Thermo Fisher Qubit 4 Fluorometer:精确测量RNA浓度,检测限1ng/μl,误差<5%。

PacBio Sequel II系统:实现长读长测序,用于转录本组装,读取长度>10,000bp。

Nanodrop分光光度计:快速检测RNA纯度和浓度,波长范围220-750nm。

Qiagen QIAcube:自动化RNA提取系统,处理量96样本/轮次。

Bio-Rad CFX Real-Time PCR系统:验证基因表达,动态范围10⁸,用于RT-qPCR分析。

Oxford Nanopore MinION:便携式测序设备,支持实时RNA序列读取。

Beckman Coulter Biomek FXP:自动化液体处理系统,确保样品制备精度。

PerkinElmer LabChip GX:微流控芯片系统,高效评估RNA质量。

检测服务流程

沟通检测需求:为精准把握客户需求,我们会仔细审核申请内容,与客户深入交流,精准识别样品类型、明确测试要求,全面收集相关信息,确保无遗漏。

签订协议:根据沟通确定的检测需求及商定的服务细节,为客户定制包含委托书及保密协议的个性化协议。后续检测严格依协议执行。

样品前处理:收到样品后,开展样品预处理、制样及标准溶液制备等前处理工作。凭借先进仪器设备和专业技术人员,科学严谨对待每个细节,保证前处理规范准确。

试验测试:此为检测核心环节。运用规范实验测试方法精确检测每个样品,实验设计与操作均遵循科学标准,保障测试结果准确且可重复。

出具报告:测试结束立即生成详尽检测报告,经严格审核确保结果可靠准确,审核通过后交付客户。

我们秉持严谨踏实的态度,提供高品质、专业化检测服务。服务全程可追溯,严格遵守保密协议,保障客户满意度与信任度。

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