电转后转录组动态试验

发布时间:2026-07-20 11:15:36

检测项目

总RNA提取与质控:在不同时间点收集电转后的细胞,提取总RNA,并通过生物分析仪检测其完整性(RIN值)和浓度。

mRNA富集与文库构建:使用oligo(dT)磁珠特异性富集真核细胞mRNA,随后进行片段化、逆转录并添加测序接头,构建链特异性cDNA文库。

高通量测序:将构建好的文库在Illumina等平台上进行双端测序,生成海量的原始序列读数(Raw Reads)。

原始数据质控与过滤:使用FastQC等工具评估原始读数的质量,并利用Trimmomatic等软件去除低质量序列和接头污染。

序列比对与定位:将高质量测序读数通过STAR或HISAT2等比对软件定位到参考基因组上。

基因表达定量分析:利用featureCounts或HTSeq等工具统计比对到每个基因上的读数数量,生成原始计数矩阵。

差异表达基因分析:采用DESeq2或edgeR等软件包,比较不同时间点与对照组的基因表达水平,识别显著性差异表达基因。

表达模式聚类分析:对差异基因的表达量进行时序聚类(如K-means),识别具有共同动态变化趋势的基因簇。

基因功能富集分析:对差异表达基因簇进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,揭示其参与的生物学过程和信号通路。

关键调控因子挖掘:结合转录因子数据库,分析差异表达基因中转录因子的动态变化,推测上游调控网络。

检测范围

蛋白编码mRNA:全面检测所有已知和未知的蛋白编码信使RNA的表达水平及其动态变化。

长链非编码RNA:覆盖包括lincRNA、antisense RNA在内的多种长链非编码RNA分子。

环状RNA:能够识别并定量由反向剪接产生的环状RNA分子。

选择性剪接异构体:通过分析外显子连接处的读数,检测基因的不同剪接变体及其比例变化。

新转录本发掘:基于未被注释的基因组区域比对结果,可预测和发现新的转录本。

基因融合事件:在基因组重排或异常剪接情况下,可检测由两个不同基因部分序列连接形成的融合转录本。

等位基因特异性表达:在有单核苷酸多态性信息的样本中,可分析来自父母本等位基因的表达失衡情况。

外源导入核酸的表达:特异性追踪电转导入的质粒DNA、siRNA或mRNA等外源核酸在细胞内的表达或沉默效果。

全转录组水平动态轨迹:从全局视角描绘从刺激后早期响应到晚期适应的连续、完整的基因表达变化轨迹。

细胞状态转换相关基因:聚焦于与细胞命运决定、重编程、分化或应激反应状态转换密切相关的关键基因集。

检测方法

细胞培养与电转处理:培养目标细胞至最佳状态,优化电转参数将外源分子导入,并设置未处理组作为对照。

时序样本采集:在电转后多个预设时间点(如0.5h, 2h, 6h, 12h, 24h, 48h)快速收集细胞,立即裂解或置于稳定剂中。

TRIzol法提取总RNA:使用酚-氯仿抽提法从细胞裂解液中分离总RNA,确保获得高完整性RNA。

磁珠法mRNA纯化:利用带有oligo(dT)的磁珠与mRNA的polyA尾特异性结合,实现mRNA的高效分离与纯化。

超声波打断法片段化:使用超声破碎仪将mRNA随机打断成适宜测序长度的片段。

双链cDNA合成与末端修复: 以片段化mRNA为模板进行逆转录和第二条链合成,并对cDNA末端进行修复和平端化。

<强>A尾添加与接头连接: 在cDNA片段3‘端添加单个A碱基,随后连接具有索引序列的Y型测序接头。

<强>PCR扩增与文库质检: 使用高保真酶对连接接头的片段进行有限循环的PCR扩增,并通过Qubit和Agilent Bioanalyzer对文库进行定量和片段大小分布质检。

<强>上机测序与碱基识别: 将合格文库按比例混合后加载到测序芯片上,在测序仪中进行桥式PCR扩增和边合成边测序,实时采集荧光信号并转换为碱基序列。

<强>生物信息学流程分析: 建立标准化的生信分析流程,涵盖从原始数据到生物学解读的所有计算步骤,确保结果的可重复性。

检测仪器设备

<强>电穿孔仪: 核心设备,用于施加高压脉冲在细胞膜上形成瞬时孔洞以导入分子,如Bio-Rad Gene Pulser系列。

<强>超净工作台/生物安全柜: 提供无菌操作环境,用于细胞培养和样本处理,防止微生物污染。

<强>二氧化碳培养箱: 为细胞提供恒定的温度(37℃)、湿度和CO2浓度(5%)的生长环境。

<强>高速低温离心机: 用于快速低温沉淀核酸、蛋白质及分离细胞组分,保证生物分子活性。

<强>微量分光光度计/NanoDrop: 快速微量测定RNA、DNA的浓度和纯度(A260/A280比值)。

<强>生物分析仪/Agilent 2100: 通过微流控芯片技术精确评估RNA完整性(RIN值)和文库片段大小分布,是质控关键设备。

检测服务流程

沟通检测需求:为精准把握客户需求,我们会仔细审核申请内容,与客户深入交流,精准识别样品类型、明确测试要求,全面收集相关信息,确保无遗漏。

签订协议:根据沟通确定的检测需求及商定的服务细节,为客户定制包含委托书及保密协议的个性化协议。后续检测严格依协议执行。

样品前处理:收到样品后,开展样品预处理、制样及标准溶液制备等前处理工作。凭借先进仪器设备和专业技术人员,科学严谨对待每个细节,保证前处理规范准确。

试验测试:此为检测核心环节。运用规范实验测试方法精确检测每个样品,实验设计与操作均遵循科学标准,保障测试结果准确且可重复。

出具报告:测试结束立即生成详尽检测报告,经严格审核确保结果可靠准确,审核通过后交付客户。

我们秉持严谨踏实的态度,提供高品质、专业化检测服务。服务全程可追溯,严格遵守保密协议,保障客户满意度与信任度。

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