菌落总数：反映食品在冷链过程中受微生物污染的总程度，是评价卫生状况的基础指标。
大肠菌群：作为粪便污染的指示菌，其检出提示食品可能受到肠道致病菌污染，冷链卫生控制存在漏洞。
金黄色葡萄球菌：检测该致病菌及其产生的肠毒素，评估因人员操作不当或交叉污染引起的食品安全风险。
沙门氏菌：重点检测的食源性致病菌，确保冷链运输未成为其传播途径，尤其针对禽畜肉、蛋制品等。
单核细胞增生李斯特氏菌：一种嗜冷菌，能在低温下生长，是冷链食品（特别是即食食品）的关键监控对象。
霉菌和酵母计数：评估食品因温度波动或包装破损导致的霉变风险，常见于水果、糕点等。
乳酸菌：针对发酵食品或特定产品，监控其在冷链中是否过度增殖导致产品酸败变质。
嗜冷菌计数：专门检测能在0-7℃低温下生长的细菌总数，直接反映冷链温度控制的效能。
产气荚膜梭菌：作为另一类指示菌，其数量变化可反映食品在运输中可能经历的温控不当情况。
假单胞菌：特别是荧光假单胞菌等嗜冷菌，是导致冷藏肉、水产腐败的优势腐败菌，需重点监测。
冷藏及冷冻畜禽肉类：包括猪、牛、羊、鸡等生鲜肉及分割品，易受细菌污染，需全程监控。
冷冻水产品及其制品：如鱼、虾、贝类等，富含水分和蛋白质，对温度敏感，易滋生嗜冷菌。
冷藏乳制品及冰淇淋：巴氏奶、酸奶、奶酪等，需恒定低温防止致病菌和腐败菌繁殖。
冷冻预制菜肴与调理食品：包括速冻米面、菜肴、火锅料等，成分复杂，加工和运输环节风险高。
冷藏新鲜果蔬与沙拉：即食果蔬、鲜切沙拉等，通常不经灭菌，依赖冷链抑制微生物生长。
冷藏饮品与果汁：需低温保存的饮料、NFC果汁等，监控酵母、霉菌及特定致病菌。
冷冻烘焙食品及糕点：如冷冻面团、蛋糕等，防止霉菌、酵母及金黄色葡萄球菌污染。
冷藏即食食品与熟食：如凉菜、卤味、三明治等，直接食用，对单增李斯特菌等要求严格。
生物制剂与高端冷链药品：部分特殊食品或原料（如益生菌）的运输也需无菌落污染控制。
冷链运输环境与包装材料：对冷藏车箱体、集装箱内壁、托盘、包装内表面进行涂抹检测。
平板计数法（标准方法）：将样品稀释液接种于琼脂平板，培养后计数，是测定菌落总数、霉菌酵母等的经典定量方法。
多管发酵法（MPN法）：适用于大肠菌群等指标菌的推测性计数，特别适用于检测样本中微生物数量较少的情况。
酶联免疫吸附测定法（ELISA）：利用抗原抗体反应，快速检测特定的细菌毒素（如金黄色葡萄球菌肠毒素）。
聚合酶链式反应法（PCR）及实时荧光PCR：通过扩增特定细菌DNA片段，快速、特异性地检测沙门氏菌、单增李斯特菌等致病菌。
测试片法（快速纸片法）：将预制好的培养基测试片直接接种样品液，便于现场快速筛查菌落总数、大肠菌群等。
ATP生物发光法：通过检测样品中三磷酸腺苷（ATP）含量，间接、快速地评估总微生物污染水平，常用于环境表面清洁度验证。
选择性培养基分离鉴定法：使用如PCA、VRBA、XLD等选择性或鉴别性培养基，分离和初步鉴定目标微生物。
免疫磁珠分离技术：与培养或PCR结合，先从复杂样品中高效富集目标细菌（如大肠杆菌O157:H7），提高检出率。
流式细胞术
