组织切片机空间转录组检测

发布时间:2026-07-10 10:14:27

检测项目

组织形态学成像:对新鲜冷冻或FFPE组织切片进行高分辨率明场或荧光扫描,获取样本的精细组织结构信息。

空间条形码捕获:利用带有空间位置坐标的寡核苷酸探针阵列,原位捕获组织切片上特定位置释放的mRNA分子。

全转录组测序文库构建:将捕获的带有空间条形码的cDNA构建成适用于高通量测序的文库,用于后续序列分析。

基因表达谱定量:通过生物信息学分析,定量每个空间位点(即每个捕获区域)内成千上万个基因的表达水平。

空间基因表达可视化:将基因表达数据映射回原始的二维组织图像上,生成基因在组织原位的空间分布热图。

细胞类型空间注释:基于已知的细胞类型标志基因表达谱,对组织内不同空间区域的细胞组成进行推断和注释。

差异表达区域分析:识别在组织结构的不同区域(如肿瘤核心区与侵袭前沿)存在显著差异表达的基因集。

细胞间通讯推断:结合配体-受体对数据库,分析不同空间邻近细胞亚群之间潜在的信号通讯网络。

病理区域特异性生物标志物挖掘:在癌症等疾病组织中,寻找特定病理结构区域(如坏死区、免疫浸润区)特有的基因标志物。

组织空间结构域划分:基于基因表达的空间相似性,对连续的组织切片进行无监督聚类,识别具有相同分子特征的功能性结构域。

检测范围

肿瘤学研究:应用于各类实体瘤(如乳腺癌、脑胶质瘤、结直肠癌),解析肿瘤微环境的异质性、免疫细胞分布及侵袭边界特征。

神经科学研究:用于大脑、脊髓等神经组织,绘制不同脑区、核团乃至细胞层的精细基因表达图谱,研究神经系统发育与疾病。

发育生物学研究:追踪胚胎或器官发育过程中基因表达的空间动态变化,揭示形态发生和细胞命运决定的分子机制。

免疫学研究:分析淋巴结、脾脏、肠道等免疫器官或炎症/感染组织中免疫细胞的时空分布与活化状态。

植物科学研究:应用于植物根、茎、叶、花等器官,研究其发育、逆境响应及不同组织功能的分子基础。

病理学诊断辅助:为传统病理诊断提供分子层面的空间信息补充,助力更精确的疾病分型与预后判断。

药物研发与毒理学:评估药物或化合物在靶器官内的空间分布效应及其引起的局部基因表达改变。

传染病研究:研究病原体感染宿主后,在感染病灶局部宿主与病原体基因表达的相互作用与空间格局。

心血管疾病研究:分析动脉粥样硬化斑块、心肌梗死区域等病变组织的细胞组成与基因表达的空间异质性。

器官再生与纤维化研究:探究肝脏、肺脏等器官在损伤修复或纤维化过程中,不同区域细胞的重编程与分子事件。

检测方法

样本制备与冷冻切片:将新鲜组织用OCT包埋剂包埋后,在低温条件下使用组织切片机切成5-10微米厚的薄片,贴附于专用载玻片或芯片上。

组织固定与透化:采用甲醇或多聚甲醛对切片进行固定以保持形态,随后使用蛋白酶进行透化处理,使细胞内的mRNA得以释放。

原位反转录:在组织切片上进行原位反转录反应,将释放出的mRNA反转录为带有空间条形码和唯一分子标识符的cDNA。

cDNA回收与扩增:将带有空间条形码的cDNA从玻片/芯片上洗脱回收,并进行PCR扩增,以获得足够的测序起始材料。

测序文库构建

文库质检与定量: 使用荧光定量或生物分析仪对构建好的测序文库进行片段大小分布和浓度测定,确保文库质量合格。

高通量测序: 将合格的文库在Illumina NovaSeq或HiSeq等高通量测序平台上进行双端测序,获得包含空间坐标信息的序列数据。

原始数据质控与过滤: 对下机数据进行质量评估,去除低质量序列和接头污染,保留高质量的测序读段用于后续分析。

序列比对与基因定量: 使用STAR等比对软件将读段比对到参考基因组,并根据其携带的空间条形码将读段计数归类到特定的组织坐标位置。

检测仪器设备

低温组织切片机: 核心设备之一,用于在-20°C左右的低温环境下制备高质量的新鲜冷冻组织切片,保证RNA完整性。

检测服务流程

沟通检测需求:为精准把握客户需求,我们会仔细审核申请内容,与客户深入交流,精准识别样品类型、明确测试要求,全面收集相关信息,确保无遗漏。

签订协议:根据沟通确定的检测需求及商定的服务细节,为客户定制包含委托书及保密协议的个性化协议。后续检测严格依协议执行。

样品前处理:收到样品后,开展样品预处理、制样及标准溶液制备等前处理工作。凭借先进仪器设备和专业技术人员,科学严谨对待每个细节,保证前处理规范准确。

试验测试:此为检测核心环节。运用规范实验测试方法精确检测每个样品,实验设计与操作均遵循科学标准,保障测试结果准确且可重复。

出具报告:测试结束立即生成详尽检测报告,经严格审核确保结果可靠准确,审核通过后交付客户。

我们秉持严谨踏实的态度,提供高品质、专业化检测服务。服务全程可追溯,严格遵守保密协议,保障客户满意度与信任度。

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