脂肪酸种类鉴定：确定样品中具体存在的长链脂肪酸类型，如棕榈酸、硬脂酸、油酸等。
碳链长度确定：通过质谱特征峰判断脂肪酸分子中碳原子的总数。
不饱和度分析：鉴定脂肪酸分子中双键的数量，是区分饱和与不饱和脂肪酸的关键。
双键位置确定：利用特定衍生化或碎裂技术，推断双键在碳链上的具体位置。
顺反异构体区分：鉴别双键的几何构型（顺式或反式），这对营养与健康研究至关重要。
支链结构识别：检测脂肪酸碳链是否存在甲基支链或其他分支结构。
羟基化修饰鉴定：分析脂肪酸链上是否含有羟基等含氧官能团。
环氧化结构分析：鉴定脂肪酸链上是否存在环氧基团等特殊结构。
同位素分布模式验证：通过质谱图的同位素峰簇分布，辅助确认分子式。
复杂基质中目标物筛查：在生物体液、组织或食品等复杂样品中，定性筛查特定的长链脂肪酸。
C14-C22饱和脂肪酸：如肉豆蔻酸（C14:0）、棕榈酸（C16:0）、硬脂酸（C18:0）等。
C16-C24单不饱和脂肪酸：如棕榈油酸（C16:1）、油酸（C18:1）、芥酸（C22:1）等。
C18-C22多不饱和脂肪酸：如亚油酸（C18:2）、α-亚麻酸（C18:3）、花生四烯酸（C20:4）、DHA（C22:6）等。
共轭脂肪酸：如共轭亚油酸的各种异构体（如c9,t11-CLA, t10,c12-CLA）。
支链脂肪酸：如结核硬脂酸等存在于细菌或乳脂中的支链结构脂肪酸。
羟基脂肪酸：如蓖麻油酸（12-羟基-9-十八碳烯酸）等。
环氧化脂肪酸：如环氧十八碳烯酸等，常见于某些植物油或氧化产物中。
奇数碳脂肪酸：碳链长度为奇数的脂肪酸，如C15:0、C17:0，常用于微生物来源追溯。
游离脂肪酸：未与甘油酯化的游离形式长链脂肪酸。
酯化脂肪酸：以甘油酯、磷脂、胆固醇酯等形式存在的长链脂肪酸，需经前处理释放。
气相色谱-质谱联用法：最经典的方法，适用于挥发性衍生物，提供高分辨分离和丰富的电子轰击源谱库信息。
液相色谱-质谱联用法：尤其适用于难挥发、热不稳定的长链脂肪酸及其衍生物的直接分析。
衍生化-GC/MS法：通过甲酯化、硅烷化等衍生反应提高脂肪酸的挥发性和检测灵敏度。
电喷雾电离质谱法：一种软电离技术，常与LC联用，易于产生[M-H]-或[M+Na]+等准分子离子峰。
大气压化学电离质谱法：另一种软电离方式，对中等极性化合物如脂肪酸有较好的响应。
串联质谱法
高分辨质谱法：使用飞行时间或轨道阱质谱仪精确测定分子量，推导元素组成，实现精准定性。
碰撞诱导解离技术
臭氧诱导解离技术
紫外光解离技术
气相色谱-单四极杆质谱联用仪
气相色谱-串联三重四极杆质谱联用仪
液相色谱-三重四极杆质谱联用仪
液相色谱-四极杆飞行时间质谱联用仪
液相色谱-轨道阱高分辨质谱联用仪
傅里叶变换离子回旋共振质谱仪
衍生化反应装置
固相萃取装置
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