耐药相关基因突变谱分析：通过高通量测序技术，全面筛查与靶向药物、化疗药物耐药相关的已知及潜在基因突变位点。
基因扩增与缺失检测：检测特定癌基因的拷贝数变异（如HER2扩增、MET扩增）或抑癌基因的缺失，这些是重要的继发耐药驱动因素。
融合基因动态监测：针对已存在或新发的基因重排/融合事件（如ALK、ROS1融合）进行定量监测，评估其丰度变化与耐药关联。
表观遗传修饰改变分析：探索DNA甲基化、组蛋白修饰等表观遗传学的异常改变如何影响基因表达，从而导致耐药。
肿瘤微环境免疫标志物检测：分析肿瘤浸润淋巴细胞、免疫检查点分子（如PD-L1）表达变化，评估免疫逃逸相关的耐药机制。
药物外排泵蛋白表达检测：定量检测ABC转运蛋白家族（如P-gp）的表达水平，评估其介导的药物外排增强导致的耐药。
药物靶点蛋白表达与定位分析：通过免疫组化等技术，分析靶点蛋白的表达水平、空间分布及亚细胞定位的改变。
旁路信号通路激活评估：检测在原发性靶向通路被抑制后，替代性或补偿性信号通路（如c-MET、AXL）的激活状态。
细胞周期与凋亡通路关键分子检测：分析细胞周期调控蛋白和凋亡相关蛋白的表达变化，揭示细胞死亡抵抗机制。
肿瘤异质性克隆演化追踪：通过对治疗前后样本的深度测序，解析耐药克隆的起源、进化路径及亚克隆结构。
非小细胞肺癌相关耐药基因：涵盖EGFR、ALK、ROS1、RET、MET、KRAS等关键驱动基因的继发性突变及旁路激活。
结直肠癌相关耐药机制：聚焦RAS/RAF通路再激活、HER2扩增、NTRK融合及错配修复状态改变等。
乳腺癌内分泌及靶向治疗耐药：涉及ESR1突变、PIK3CA/AKT/mTOR通路改变、CDK4/6抑制剂耐药相关标志物等。
血液肿瘤化疗及靶向耐药：包括BCR-ABL激酶区突变、FLT3-ITD突变、表观遗传调控因子突变等。
黑色素瘤靶向与免疫治疗耐药：检测MAPK通路再激活（如NRAS突变）、免疫检查点分子表达变化及新抗原丢失等。
胃肠道间质瘤伊马替尼耐药：主要针对KIT/PDGFRA基因的二次突变及下游信号通路激活事件。
泛癌种常见耐药通路：覆盖PI3K-AKT-mTOR、RAS-RAF-MEK-ERK、WNT、Hedgehog等核心信号通路的异常。
肿瘤干细胞相关标志物：检测与肿瘤干细胞特性（自我更新、分化潜能）相关的表面标志物和转录因子，探索其对耐药的贡献。
细胞外基质与纤维化相关因子：分析肿瘤组织纤维化程度及相关因子表达，评估物理屏障和生化微环境对药物渗透的影响。
微生物组与代谢产物关联分析：探索肿瘤局部或肠道微生物组及其代谢产物变化对药物疗效和耐药性的潜在调节作用。
下一代测序技术：采用基于杂交捕获或扩增子法的NGS panel，实现数百个基因的平行测序，全面发现未知变异。
数字PCR技术：用于对已知的特定低频耐药突变（如EGFR T790M, C797S）进行绝对定量，灵敏度极高。
Sanger测序法：作为传统金标准，用于对NGS或ddPCR发现的特定关键突变进行验证确认。
荧光原位杂交技术：用于检测基因扩增、缺失及融合等结构性变异，具有空间定位优势。
免疫组织化学法：在组织切片上原位检测特定蛋白质的表达水平、定位及磷酸化状态。
多重免疫荧光技术：在同一张组织切片上同时标记多种蛋白，分析不同细胞亚群的空间关系和蛋白共表达。
质谱流式细胞技术：利用金属同位素标签抗体，实现单细胞水平超过40种参数的高通量蛋白表型分析。
甲基化特异性PCR/测序：用于定量分析特定基因启动子区域的DNA甲基化水平，评估其转录沉默状态。
单细胞RNA测序
类器官药物敏感性测试
高通量测序仪
数字PCR系统
Sanger测序仪
全自动荧光显微镜扫描系统
激光共聚焦显微镜
流式细胞分选仪
质谱流式细胞仪
实时荧光定量PCR仪
全自动核酸提取工作站
生物信息学分析服务器集群
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