短链脂肪酸：主要包括乙酸、丙酸、丁酸等，是肠道菌群发酵膳食纤维的主要产物，对宿主能量代谢、免疫调节和肠道屏障功能至关重要。
胆汁酸：包括初级胆汁酸（如胆酸）和次级胆汁酸（如脱氧胆酸），研究其菌群介导的转化过程及其作为信号分子在代谢和炎症中的作用。
色氨酸代谢物：涵盖吲哚、吲哚丙酸、犬尿氨酸等，涉及菌群与宿主共代谢途径，与神经递质平衡和免疫耐受密切相关。
支链氨基酸及其代谢物：如亮氨酸、异亮氨酸的降解产物，与胰岛素抵抗和2型糖尿病等代谢性疾病风险关联。
三甲胺及氧化三甲胺：检测胆碱、肉碱经菌群代谢生成的三甲胺及其在肝脏中形成的TMAO，评估其与心血管疾病的风险。
多胺类物质：包括腐胺、亚精胺、精胺等，参与细胞增殖、分化及肠道黏膜修复过程。
苯乙酰谷氨酰胺：由苯丙氨酸经菌群代谢产生，是连接菌群代谢与心血管疾病的重要风险标志物。
维生素：如维生素K、B族维生素（B12、叶酸等），评估肠道菌群合成对宿主具有生理活性维生素的能力。
神经活性代谢物：如γ-氨基丁酸、5-羟色胺前体等，研究“肠-脑轴”中菌群代谢物对神经系统的影响。
脂质代谢物：包括共轭亚油酸、羟基脂肪酸等菌群修饰或产生的特定脂质，探究其抗炎或促炎效应。
粪便样本：最直接反映肠道菌群代谢活动的样本，用于非侵入性地获取全面的代谢物谱信息。
血液样本：包括血浆和血清，用于检测进入循环系统、对全身产生影响的菌群衍生代谢物。
尿液样本：反映机体代谢终产物的排泄情况，适用于检测部分水溶性、可经肾清除的菌群代谢物。
肠道内容物：取自不同肠段（回肠、结肠等），用于研究代谢物的区域特异性分布与浓度梯度。
肠道组织与黏膜：分析定植于黏膜层的菌群及其产生的局部高浓度代谢物，研究其与上皮细胞的互作。
细胞培养上清：在体外共培养模型中，检测菌株或菌群与宿主细胞共培养后分泌的代谢物变化。
脑脊液：用于前沿的肠-脑轴研究，探索能够穿越血脑屏障并对中枢神经系统产生直接作用的菌群代谢物。
胆汁样本：专门用于研究胆汁酸的肝肠循环及菌群在肠道中对胆汁酸的生物转化过程。
体外发酵模型产物：如SHIME模型等模拟肠道环境的输出液，用于在可控条件下研究特定底物生成的代谢物。
单细胞或空间组学样本：结合新兴技术，在单细胞分辨率或组织空间原位水平上定位和量化代谢物。
气相色谱-质谱联用：适用于挥发性或经衍生化后具有挥发性的代谢物（如短链脂肪酸）的高灵敏度、高分辨率定性与定量分析。
液相色谱-质谱联用：当前最主流的代谢组学技术，尤其适用于非挥发性、热不稳定及大分子极性代谢物的广泛靶向与非靶向筛查。
核磁共振波谱：一种非破坏性的定量分析方法，无需复杂前处理即可对样本中多种代谢物进行同时测定和结构鉴定，重现性好。
高效液相色谱-紫外/荧光检测法：针对具有特定发色团或荧光基团的代谢物（如部分色氨酸代谢物）进行常规定量分析，成本相对较低。
酶联免疫吸附测定：利用抗原-抗体反应对特定单一代谢物（如某些神经递质）进行快速、高通量的特异性定量检测。
毛细管电泳-质谱联用：特别适用于高极性、带电代谢物的高效分离与检测，在离子型代谢物分析中具有独特优势。
离子色谱法：主要用于无机阴离子、有机酸等水溶性离子的高灵敏度分离与测定，可补充分析SCFA等。
稳定同位素标记追踪技术：使用13C或15N标记的前体物质，结合质谱技术，动态解析代谢物的来源与转化通路通量。
成像质谱技术：如MALDI-MSI或DESI-MSI，可在组织切片上直接对多种代谢物进行空间分布可视化分析。
生物传感器与微流控芯片技术：新兴的快速检测方法，通过特异性识别元件实现对特定代谢物的实时、在线监测，便于动态研究。
三重四极杆质谱仪：通常与LC或GC联用，基于多反应监测模式，是进行靶向代谢物绝对定量分析的黄金标准设备，灵敏度极高。
高分辨率质谱仪：如飞行时间或轨道阱质谱仪，能够提供精确分子量信息，是进行非靶向代谢组学发现和鉴定未知代谢物的核心工具。
气相色谱仪：配备FID或MS检测器，用于挥发性代谢物的高效分离，是短链脂肪酸分析的经典平台组成部分。
超高效液相色谱仪：提供更高的柱效、分离速度和灵敏度，是现代液相色谱-质谱联用系统的前端关键分离设备。
核磁共振波谱仪
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