苋菜红检测主要包含四大核心指标：一是色素含量测定，验证产品中添加剂使用量是否符合GB 2760规定的最大允许限量（0.05g/kg）；二是非法添加物筛查，鉴别是否掺杂胭脂红、诱惑红等禁用偶氮类色素；三是代谢产物分析，检测人体摄入后可能生成的萘胺类衍生物；四是迁移量测试，针对食品接触材料中色素向食品的转移量进行监控。
检测对象覆盖三大类样本：一是终端食品类（含果蔬汁饮料、果冻、蜜饯及烘焙制品），重点监控易超标的儿童食品与即食产品；二是原料类（含色素预混料、浓缩液及半成品），实施生产环节的质量控制；三是包装材料类（含塑料容器、纸质包装及印刷油墨），评估色素迁移风险。特殊样本需区分液态（饮料）、固态（糖果）及半固态（果酱）三类物态进行前处理。
现行标准方法包括：1. 高效液相色谱法（GB 5009.35-2016），采用C18反相色谱柱（250mm×4.6mm,5μm），以甲醇-0.02mol/L乙酸铵为流动相梯度洗脱，紫外检测器波长设定254nm；2. 液相色谱-串联质谱法（SN/T 1743-2006），ESI负离子模式下监测m/z 502.1→324.1特征离子对；3. 分光光度法（仲裁法），在520nm波长处测定吸光度；4. 薄层色谱法（定性筛查），展开剂选用正丁醇-无水乙醇-氨水（6:2:3）体系。
标准实验室配置应包含：1. 高效液相色谱仪（配二极管阵列检测器），要求保留时间偏差＜±2%、峰面积RSD≤1.5%；2. 三重四极杆液质联用仪（QqQ-MS），质量精度需达±0.1Da；3. 紫外可见分光光度计（波长精度±1nm）；4. 全自动固相萃取装置（用于复杂基质净化）；5. 高速冷冻离心机（转速≥12000r/min）；6. 精密pH计（分辨率0.01）。关键耗材包括HLB固相萃取柱（200mg/6mL）和0.22μm有机系滤膜
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